Nurnberg, S.T.; Cheng, K.; Raiesdana, A. et al. · 2015 · Genomics Data
Metadata
Authors: Nurnberg, S.T.; Cheng, K.; Raiesdana, A.; Kundu, R.; Miller, C.L.; Kim, J.B.; Arora, K.; Carcamo-Oribe, I.; Xiong, Y.; Tellakula, N.; Nanda, V.; Murthy, N.; Boisvert, W.A.; Hedin, U.; Perisic, L.; Aldi, S.; Maegdefessel, L.; Pjanic, M.; Owens, G.K.; Tallquist, M.D.; Quertermous, T.
📄 Quick Note¶
摘要概述¶
本文是一篇数据描述性论文（Data in Brief），主要报告了与冠状动脉疾病（coronary artery disease）相关的转录因子 TCF21 的转录组数据集。TCF21 是一种 basic helix–loop–helix 转录因子，此前通过 GWAS（genome-wide association studies）被鉴定为冠心病易感性相关基因。为识别该转录因子在疾病相关细胞类型中的下游靶基因，作者在体外培养的人冠状动脉平滑肌细胞（human coronary artery smooth muscle cells, HCASMC）中通过 siRNA 敲减 TCF21，并以 siCONTROL 作为对照，每组 3 个技术重复。通过 Illumina HiSeq2000 平台进行 RNA-Seq，reads 经 TopHat/Bowtie2 比对至 hg19，再使用 DESeq 与 edgeR 两种工具进行差异表达分析，最终在 FDR 0.05 水平上取交集得到 380 个共同差异表达基因。原始与处理后的数据已存入 Gene Expression Omnibus（GEO），登录号为 GSE44461。
关键图表¶
本文为数据描述性短文，未包含实质性结果图，主要内容为实验设计、材料与方法说明及数据获取链接。
- （待精读时补充）
与我的关联¶
本研究涉及血管平滑肌细胞在转录因子调控下的表型与基因表达变化，与 vascular G&R（growth and remodeling）中平滑肌细胞表型转化的计算建模密切相关。该转录组数据集可为构建动脉粥样硬化进程中细胞表型调控网络的动力学模型提供转录层面的参数化参考与验证依据。